秋の夜長という意味の「夜長月（よながつき）」が略されたと言う説が有力ですね。

他には雨が長く降る時期なので「長雨月（ながめつき）」が略されたと言う説や、稲を刈る時期なので「稲刈月（いなかりづき）」が略されたと言う説に、「長」という字に稲が毎年実のることを祝う意味があると言う説などがあるようです。